中心執行目標如下：

1. 以生態工程應用產業之專業技術研發為導向
    生態中心的主要目標乃建立一個能提供並滿足生態工程應用產業技術需求的研發單位。
2. 研發符合生態工程應用產業所需的技術主軸
   根據生態工程的國家發展政策及生態工程應用產業的技術需求與發展，規劃了具有系統性、必要性及發展性的生態工程技術研發主題，包括了四大技術主軸：自然生態處理之技術、生態復育之技術、資源再利用之技術及社會人文之研究。
3. 提升生態工程技術的研發能量及成果
   透過現有校內各個學術領域及研究團隊的橫向整合，並透過校內各行政及技術單位在研究環境及儀器設備等資源的援助；加上校外資源的整合與支援。由於以上各層面的整合及支援，使得技術研發中心的研究範圍及延伸其研究內容的深度，從而提升未來本研發中心的研發量能及成果。
4. 推廣研發成果以爭取產學合作及政府服務計畫案
   針對目前所研發之生態工程技術之技術內容及成功應用案例，已透過製作網頁、宣導折頁、舉辦產學論壇、參加相關研討會、論文發表等途徑加強對產業的宣導，以擴大產學合作的對象，強化技術的推廣。另外，在與業界合作之後，擬與有合作默契之業者簽訂長遠的技術合作合約。不僅能夠爭取業界資源，增加研發中心的技術輸出能力，同時也能夠協助業者提升其生態技術的顧問及工程能力。未來研發中心也將或單獨、或與業界合作方式爭取政府服務案，以增強經費資源。
5. 擴充及維護生態工程的技術資料庫
   為因應知識經濟時代，配合企業管理理念，已建立生態工程的技術研發資料庫，主要目的為以生態工程技術開發為主軸，建構各研究團隊之技術整合平台，將所得技術資料輸入系統，在資料庫中利用邏輯法則建構專家決策，以進一步評量生態工程規劃之優勢，交由執行單位提供包括產學合作、政府服務及社區結合等領域之服務，而藉由服務過程及研究成果所累積之知識，進行技術創新。
6. 妥善管理研發成果
   生態中心已獲得數項專利，同時也有幾項技術專利正在整理與申請中。然而這些專利的建立，仍應提升實際的應用以及技術的轉移。生態中心的另一項工作目標，便是以一個固定的工作窗口，在與各產官學界合作之後，將具體可行的技術建立出轉移機制，以便未來更有效的應用於需要的領域。
7. 由技術研發回饋提升教學成效使本校成為培育生態工程專業人才的搖籃
   生態中心的主要成員來自本校環境工程與科學系及環境資源與管理系之專任老師，這些師資在從事生態工程技術研發的過程、經驗及成果均可提供其教學上的資料來源，進而設計出以培育生態工程人才為主的課程標準、課程內容與實務專題。其目標為由研究經驗及成果回饋以提升本校教學成效，使本校成為培育國內生態工程專業人才的搖籃。
8. 推動生態工程技術的國際交流及兩岸交流
   生態中心針對人工濕地技術發展、環境荷爾蒙檢測技術、水環境永續技術等之環境保護議題進行合作交流，期提升亞太國家水環境保護之技術水準，並最終增進本校及本國在國際間的聲譽及影響力，未來將持續與者幾所區域性大學進行交流。
9. 帶動本校其他研究團隊的合作整合
   除了生態工程相關研究團隊外，還有生物技術、環境科技、社會發展等領域的相關研究團隊。未來本研發中心成功的整合及營運經驗，將可提供其他領域研究團隊整合的參考，帶動本校成為具有科技研發能力及特色的科技大學。